16 октября 1941 года в Одессу вошли немецкие и румынские войска. В январе следующего года район Слободка, где располагалась больница, оккупанты превратили в еврейское гетто, куда согнали около 100 тысяч евреев. Выживших в гетто отправляли в лагеря Богдановки, Доманевки, Акмечетки, где их массово расстреливали.
Главврач больницы Лев Айхенвальд был призван на фронт, и профессор Шевалев принял руководство на себя. А вскоре больница стала ему домом, поскольку его квартиру на ул. Гоголя, 8, разбомби…