Ревекка Константиновна, приемная мать Яши, была арестована в июле 1951 года. Её обвинили в «недоносительстве о террористической деятельности мужа». Больную 62-летнюю женщину тоже избивали на допросах, помещали в карцер, обливали ледяной водой, сутками держали в наручниках и не давали спать. В результате и она получила «свою десятку». А вскоре была арестована и няня Мария Петровна, но затем отпущена под подписку о невыезде.
Всего этого Яков не знал. Сообщение ТАСС об «аресте группы врачей-вредителей» он услышал по громкоговорителю в лагере 13 января 1953 года, в списке была фамилия его отца, к тому времени два года как уже покойного. По радио же Яков вскоре узнал о болезни вождя народов. А когда 6 марта они узнали, что «товарищ Сталин скончался», и стали громко кричать «ура!» и кидать шапки в воздух, начальник конвоя завопил: «Немедленно прекратите, я вас, сволочей, всех перестреляю!»
В конце марта было объявлено о прекращении «дела врачей» и освобождении всех подследственных, но фамилия Этингер, естественно, не упоминалась. Всем стало ясно, что его замучили в тюрьме. Яков, как и его приемная мать, оставались в заключении — судебная машина раскачивалась медленно и пересмотры дел затягивались. В сентябре 1954 года состояние Ревекки Константиновны настолько ухудшилось, что стало понятно — и она скоро умрет в тюрьме. Только тогда было принято решение о её освобождении, хотя дело, по которому она была осуждена, было признано сфабрикованным еще полтора года назад. Дело Якова пересматривалось ещё дольше — его освободили в ноябре 1954-го «за отсутствием в действиях состава преступления».
За время заключения всё имущество семьи, включая квартиру, естественно, было конфисковано, и после освобождения мать и няня жили у родственников, а Яков — по знакомым. Чтобы добиться справки о реабилитации Этингера-старшего, потребовалось еще много времени, но узнать, где он похоронен, так и не удалось.
В память о приемном отце Яков сделал надпись на могильном камне, под которым покоилась мать Этингера-старшего на еврейском участке Востряковского кладбища: «Профессор Яков Гиляриевич Этингер. Могила твоя неизвестна, но память о тебе вечна». На этом же кладбище могила Марии Петровны Харецкой и подпись: «Дорогой и любимой нянечке. Ты всегда вместе с нами». А ещё имя Марии Харецкой высечено на Стене почета в Аллее Праведников в музее «Яд-Вашем» вместе с другими Праведниками народов мира, спасавшими евреев в годы Холокоста.
После освобождения Яша смог восстановиться на историческом факультете МГУ, а после окончания проработал 33 года в Институте мировой экономики и международных отношений Академии наук. Он стал одним из крупнейших в СССР учёных-африканистов, опубликовал более десятка книг и почти пятьсот статей и участвовал в создании общества «Мемориал». А также подготовил и издал книгу «Это невозможно забыть», ставшую одним из памятников эпохи, в которой он собрал и систематизировал огромный фактический материал о «деле врачей».
Эта книга — память как о тех, кто погиб в гетто во время Второй мировой войны, так и о тех, кто принял мученическую смерть в сталинских тюрьмах и лагерях. «Порой мне кажется, что я прожил несколько жизней и вот уже пятьдесят лет живу под знаком прошлого. И всё это, признаюсь, не даёт мне душевного покоя», — писал Яков Этингер. А в одном из последних интервью его спросили:
— Прошло полвека. Как вам кажется, это было давно?
— Давно? Да что вы! Вчера.