Чёрный воронок с сотрудниками НКВД подъехал к зданию больницы, где он лежал, приходя в себя после тяжелейшей травмы ног. Появление людей в форме энкаведистов вызвало трепет и переполох в больнице. Страх можно было прочесть в глазах каждого, на ком сошлись взглядами ворвавшиеся в больницу «сталинские опричники». Выяснив, где находится тот, кого им было приказано арестовать, они быстрым шагом вошли в палату, где он лежал. Врач дал понять, что больной не состоянии ходить. Один из энкаведистов распорядился немедленно доставить носилки. Так, в носилках и запихнули его в воронок.
Было 8 июня 1941 года. До начала войны оставалось всего две недели. А тот, кого арестовали, был одним из лучших в Советском Союзе лётчиков, настоящим асом советской военной авиации. Не зря он оказался в числе трёх, кому было дважды присвоено в то время звание Героя Советского Союза.
В 1936 г. начинается Гражданская война в Испании. К войне на стороне республиканцев подключается «тайно» Советский Союз, в то время, как правым во главе с Франко помогают нацисты.
Под псевдонимом «генерал Дуглас» среди других советских «добровольцев» в качестве старшего военного советника по авиации принимает участие в войне и Яков Смушкевич. При этом он не только руководит, но и активно участвует в воздушных боях. Настолько успешно, что нацистский военный журнал ВВС «Люфтваффе» ещё посвятит ему своё расследование, из которого выяснится, что немецкая разведка «Абвер» потратила много сил и средств, чтобы уничтожить «Генерала Дугласа». Выяснилось также, что Геринг посулил в своё время миллион марок лётчику, который сумеет уничтожить Смушкевича в воздушном бою над Мадридом. За участие в войне в Испании Смушкевич был награждён Звездой Героя Советского Союза.
30 апреля 1938 г. во время подготовки к воздушному первомайскому параду самолёт Смушкевича потерпел аварию. В бессознательном состоянии с многочисленными травмами головы и ног он был доставлен в больницу. Речь шла даже о возможной ампутации ног. От ампутации отказались, но в результате сложнейшей операции одна нога стала короче другой. Ему пришлось пройти через тяжелейший и долгий реабилитационный период в больнице. Ещё не оправившись толком от травм, Смушкевич поехал на аэродром, где, воспользовавшись случаем, сел в самолёт и на глазах изумлённых лётчиков поднял его в воздух. Незаурядная воля и настойчивость сделали своё дело, хотя болезнь ног ещё не раз даст себя знать нестерпимыми болями и кровотечениями, которые будут заставлять его опять ложиться в больницу.
В конце мая 1939 года разгорелся советско-японский конфликт на реке Халхин-Гол в Монголии. Авиация, спешно переброшенная в район боевых действий, несла серьёзные потери. Для укрепления авиачастей туда была направлена группа из 48 летчиков во главе со Смушкевичем, которая сумела полностью переломить ситуацию. Разгром японской авиации в боях у Халхин-Гола принес Смушкевичу вторую Звезду Героя.
Постановлением Совета народных комиссаров СССР от 4 июня 1940 года Смушкевичу было присвоено воинское звание «Генерал-лейтенант авиации». В августе 1940 года он был переведён на должность генерал-инспектора ВВС РККА, а в декабре того же года — помощника начальника Генерального штаба РККА по авиации.
Смушкевич резко отрицательно относился к сближению Советского Союза с нацистской Германией, которое происходило тогда, и к советско-германскому пакту. Не скрывал он и своей критики пакта и озабоченности тем, что война неизбежна. Он активно координирует работу конструкторских бюро и авиазаводов, ускоряет выпуск новейших моделей самолетов и вооружений. Он старался искать пути для того, чтобы убедить Сталина в необходимости срочного устранения недостатков в развитии советских ВВС, выявившихся в ходе советско-финской войны.
Будучи человеком с острым, независимым характером, он горячо отстаивал свою точку зрения даже на совещаниях высшего командного состава. На совещании у Сталина, при рассмотрении новой модели самолета, которая очень понравилась вождю, он, со всей свойственной ему прямотой, поддержал командующего ВВС генерал-лейтенанта Рычагова, резко заявившего о недостатках в конструкции самолёта. Кроме этого, Смушкевич выступил и с критикой реконструкции аэродромов вдоль западных границ, которую курировал лично Берия. Стоит ли удивляться, что после этого донос, в котором Смушкевич обвинялся во вредительстве как утвердивший некачественный авиационный мотор, не заставил себя долго ждать. А вскоре последовало и понижение в должности.
К этому моменту травмы ног давали знать о себе всё чаще, и в начале июня 1941 года Смушкевичу снова пришлось лечь в госпиталь. Обследовав его, врачи удивились, как он вообще стоит на ногах. «Ведь в тазобедренном суставе у него не кости, а творог», — говорил один из профессоров. После проведенной операции требовалась длительная реабилитация и покой. Но в эти же дни начались и аресты по так называемому делу о военно-фашистском заговоре в ВВС.
В мае 1941 г. были арестованы командующий ВВС Московского военного округа Герой Советского Союза генерал-лейтенант авиации П. И. Пумпур и начальник Главного управления ПВО РККА Герой Советского Союза генерал-полковник Г. М. Штерн, воевавшие вместе со Смушкевичем в Испании.
Большинство из арестованных генералов были участниками национально-революционной войны в Испании. Их обвиняли в том, что они являлись участниками военной заговорщицкой организации, по заданиям которой «проводили вражескую работу», направленную на поражение Республиканской Испании и т. п. Позже Смушкевичу будут предъявлены обвинения в связи с ними и «врагом народа» командармом Уборевичем, расстрелянным по «делу Тухачевского».
7 июня к Смушкевичу в госпиталь приехал начальник Генерального штаба Красной Армии Г. К. Жуков, которому стало известно о наветах против Смушкевича. Он настаивал на том, чтобы тот добивался приема у Сталина.
Дочь генерала Роза Яковлевна Смушкевич вспоминает:
«В госпитале отцу стало известно о предстоящем аресте — его и других товарищей. Первую печальную весть о начавшихся с июня 1941 года арестах в авиации принесла ему я. Накануне к нам домой пришла жена командующего ВВС Московского округа героя Испании Петра Ивановича Пумпура и сообщила, что он арестован. Меня это потрясло. Я очень любила этого человека.
Когда я со слезами рассказала всё папе, он страшно побледнел. Я думала, ему стало плохо, но он не сказал ни слова. Он вообще никогда не делился в семье своими служебными делами.
Когда отец почувствовал свой предстоящий арест, попросил маму принести ему одежду. Очевидно, хотел поехать к Сталину, чтобы попытаться предотвратить катастрофу. А мама, считая, что всё не так страшно, а поездка эта вредна для его здоровья, просьбу выполнить отказалась. Отец не стал спорить, только сказал: «Ты будешь раскаиваться в этом всю оставшуюся жизнь».
Вечером Роза вернулась от отца из госпиталя, а ночью они с матерью проснулись от света фонариков, направленных в лица. Обыск продолжался 36 часов. Была вывернута каждая книга семейной библиотеки, рылись в школьных учебниках, игрушках…
Поскольку в те годы считалось, что все аресты совершаются без ведома Сталина, Роза передала письмо на его имя. Вскоре ей сообщили, что будет принята. Но принял её не Сталин, а Берия. И не в июне, а в конце августа. Ей запомнился длинный мрачный коридор, совсем не освещённый, по которому долго шла, огромный кабинет и в дальнем его конце за большим столом маленький человек в пенсне с одутловатым лицом. Он сказал мягко, даже ласково:
— Не волнуйся, ни о чём плохом не думай. Ты ведь веришь, что отец ни в чём не виноват, значит, он скоро вернётся.
А через некоторое время, «членов семьи врага народа» отправили в тюрьму, затем в Карагандинские степи — в лагерь и на поселение. Постановление об аресте подписал лично Берия:
«Ученицу средней школы Смушкевич Розу Яковлевну как дочь изменника родины, приговорить к 5 годам лишения свободы с отбыванием срока в трудовых исправительных лагерях Карлаг с последующей пожизненной ссылкой».
28 октября 1941 года в районе поселка Барбыш под городом Куйбышевом (ныне Самара) остановилась автоколонна из нескольких «черных воронков».
Сотрудники НКВД стали вытаскивать из них изможденных и избитых мужчин. На многих была форма высшего командного состава Красной Армии. На разорванных и залитых кровью кителях виднелись дыры от сорванных наград. Поочередно их отводили к яме, где следовал выстрел в затылок. Один из приговоренных не мог выйти сам. Его вынесли из машины на носилках, на них же его и расстреляли. Так оборвалась жизнь прекрасного советского летчика, известного врагам под именем «генерал Дуглас», дважды Героя Советского Союза генерал-лейтенанта авиации Якова Владимировича Смушкевича…
О проведенном «мероприятии» был составлен следующий документ: «Акт. Куйбышев, 1941 год, октября 28 дня, мы, нижеподписавшиеся, согласно предписанию народного комиссара внутренних дел СССР, генерального комиссара государственной безопасности тов. Берия Л. П. от 18 октября 1941 г. за № 2756/Б, привели в исполнение приговор о ВМН (высшая мера наказания) — расстрел в отношении следующих 20 осужденных». Дальше приводился список. Третьим в нем значился Я.В. Смушкевич — дважды Герой Советского Союза.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 21 марта 1947 года Смушкевич был лишён звания Героя Советского Союза и всех государственных наград. После смерти Сталина и Берии в 1954 году посмертно реабилитирован. Звание Героя Советского Союза и награды возвращены Указом Президиума Верховного Совета СССР от 15 марта 1957 года.
17 августа 2008 года на Монинском мемориальном военном кладбище Военно-воздушной Академии имени Ю. А. Гагарина в посёлке Монино (Московская область) состоялось торжественное открытие памятника Я. В. Смушкевичу.
В 1987 году в Витебске именем Я. В. Смушкевича названа улица.
Под Самарой на месте расстрела установлен памятный знак, на котором начертано: «Установлен на месте захоронения жертв репрессий 1930—1940-х гг. Поклонимся памяти невинно погибших…»