Алессандро ди Мариано Филипепи родился в 1445 году во Флоренции. После смерти отца главой семьи стал старший брат, прозванный Боттичелли («Бочонок»), то ли из-за округлой фигуры, то ли из-за невоздержанности к вину. Это прозвище распространилось и на других братьев. Сначала, будущего художника, вместе со средним братом Антонио, отдали учиться ювелирному мастерству. Искусство ювелира, профессия уважаемая в середине 15-го столетия, многому научила его. Антонио стал хорошим ювелиром, а Алессандро окончив курс обучения, увлекся живописью и решил посвятить себя ей. Семья Филипепи пользовалась уважением в городе, что, позже, обеспечило его внушительными связями.
В 1461−62г он был послан в мастерскую прославленного художника Филиппо Липпи, в Прато, город в 20 км от Флоренции. В 1467−68г, после смерти Липпи, Боттичелли возвращается во Флоренцию, многому научившись у учителя. Во Флоренции молодой художник, учась у Андрео де Верроккио, где в это же время учится Леонардо да Винчи, становится известным. К этому периоду относятся первые самостоятельные работы художника. В 1469 году Сандро был представлен Веспуччи влиятельному политику и государственному деятелю Томмазо Содерини. С этой встречи в судьбе художника происходят крутые перемены. В 1470 году он получает, при поддержке Содерини, первый официальный заказ; Содерини же сводит Боттичелли со своими племянниками Лоренцо и Джулиано Медичи. С этого времени его творчество, а это период расцвета, связано с именём Медичи. В 1472−75гг. он пишет две маленькие работы, изображающие историю Юдифи, видимо предназначавшиеся для дверок шкафа.
Через три года после «Силы духа» Боттичели создаёт св. Себастьяна, который был очень торжественно установлен в церкви Санта Марии Маджиори, во Флоренции, Появляются прекрасные мадонны, излучающие просветленную кротость, Но самую большую известность он получил, когда, примерно в 1475 г, исполнил «Поклонение волхвов» для монастыря Санта Марии Новелла, где в окружении Марии изобразил членов семейства Медичи.
Флоренция времен правления Медичи была городом рыцарских турниров, маскарадов, праздничных шествий. 28 января 1475 года в городе происходил один из таких турниров. Он состоялся на площади Санта-Корче, его главным героем должен был стать младший брат Лоренцо Великолепного, Джулиано. Его «прекрасной дамой» была Симонетта Веспуччи, в которую был безнадежно влюблен Джулиано и, видимо, не он один. Красавица впоследствии была изображена Боттичелли в виде Афины Паллады на штандарте Джулиано. После этого турнира Боттичелли занял прочное положение среди ближайшего окружения Медичи и свое место в официальной жизни города. Его постоянным заказчиком становится Лоренцо Пьерфранческо Медичи, кузен Великолепного. Вскоре после турнира, еще до отъезда художника в Рим тот заказывает ему несколько работ.
Еще в ранней молодости Боттичелли приобрел опыт в писании портретов, этого характерного испытания мастерства художника. Став известным во всей Италии, начиная с конца 1470-ых, Боттичелли получал все более выгодные заказы от клиентов вне Флоренции. В 1481 Римский папа Сикст IV пригласил живописцев Сандро Боттичелли, Доменико Гирландайо, Пьетро Перуджино и Козимо Росселли в Рим, чтобы украсить фресками стены папской часовни, названной «Сикстинской капеллой «. Живопись стен была выполнена в течение удивительно короткого периода, только одиннадцать месяцев, с июля 1481 г до мая 1482 г. Боттичелли выполнил три сцены После возвращения из Рима он пишет ряд картин на мифологические темы. Художник заканчивает картину «Весна», начатую до отъезда. За это время во Флоренции произошли важные события, которые повлияли на настроение, присущее этому произведению. Первоначально, тема для написания «Весны» была почерпнута из поэмы Полициано «Турнир» в которой прославлялся Джулиано Медичи и его возлюбленная Симонетта Веспуччи. Однако за время, прошедшее от начала работы до ее завершения, прекрасная Симонетта скоропостижно умерла, а сам Джулиано, с которым художника связывала дружба, был злодейски убит. Это отразилось на настроении картины, внеся в нее ноту грусти и понимания быстротечности бытия. «Рождение Венеры» написано несколькими годами позже «Весны». Неизвестно, кто из семейства Медичи был ее заказчиком. Примерно в это же время Боттичелли пишет эпизоды из «Истории Настаджио дельи Онести «(Боккачио «Декамерон»), «Паллада и Кентавр» и «Венера и Марс».
В последние годы своего правления Лоренцо Великолепный, 1490 г призвал во Флоренцию известного проповедника Фра Джироламо Савонаролу. Видимо, этим Великолепный хотел укрепить в городе свой авторитет. Но проповедник, воинствующий поборник соблюдения церковных догм, вошел в резкий конфликт со светской властью Флоренции. Он сумел приобрести в городе много сторонников. Под его влияниое попало немало талантливых, религиозных людей искусства, не устоял и Боттичелли. Радость, поклонение КРАСОТЕ навсегда ушли из его творчества. Если предыдущие мадонны представали в торжественном величии Царицы Небесной, то теперь это бледная, с глазами полными слез, женщина, много изведавшая и пережившая. Художник стал больше тяготеть к религиозным сюжетам, даже среди официальных заказов его в первую очередь привлекали картины на библейские темы. Этт период творчества отмечен картиной «Коронование Девы Марии», заказанной для капеллы цеха ювелиров. Последней его большой работой, на светскую тему была «Клевета», но в ней, при все талантливости исполнения, отсутствует роскошно украшенный, декоративный стиль, присущий Боттичелли.
В 1493 году Флоренция была потрясена смертью Лоренцо Великолепного. По всему городу звучали пламенные речи Савонаролы. В 1494 году из города был изгнан наследник Великолепного, Пьеро, и другие Медичи. В этот период Боттичелли продолжал испытывать большое влияние Савонаролы. Все это сказалось на его творчестве, в котором наступил глубокий кризис. Тоской и печалью веет с двух «Оплакиваний Христа» Проповеди Савонаролы о конце света, Судном дне и Божьей каре привели к тому, что 7февраля 1497 г., тысячи людей устроили на центральной площади Синьории костёр, где сжигали ценнейшие произведния искусства, изъятые из богатых домов: мебель, одежду, книги, картины, украшения. Среди них, поддавшихся психозу, были и художники. (Лоренцо де Креди, прежний компаньон Боттичелли, уничтожил несколько из своих эскизов с нагими фигурами.) Боттиччели был на площади и, некоторые биографы тех лет, пишут, что, поддавшись общему настроению, сжёг несколько эскизов (картины находились у заказчиков), но точных свидетельств нет При поддержкой Римского папы Александра VI Савонарола был обвинен в ереси и приговорен к смерти. Публичная казнь очень подействовала на Боттичели. Он пишет «Мистическое рождение», где показывает своё отношение к происходящему.
Последние из картин посвящены двум героиням Древнего Рима — Лукреции и Виргинии. Обе девушки, ради спасения чести, приняли смерть, которая подтолкнула народ к смещению правителей. Картины символизируют изгнание семейства Медичи и восстановление Флоренции, как республики. Если верить его биографу, Джорджо Вазари, живописца мучали в конце жизни болезнь и немощь. Он стал «так сутул, что он был должен идти при помощи двух палок «. Боттичели не был женат, детей у него не было. Умер он одиноким, в 65лет и был похоронен недалеко от монастыря Санта Марии Новеллы.