Сюжет картины связан с одним из деяний святого Николая Чудотворца (Мирликийского), смелые и принципиальные действия которого помогли предотвратить казнь трёх невинных людей. Актуальность этой темы связывалась с нравственной проповедью Льва Толстого и вопросом об отмене смертной казни.

***
На картине изображен один из подвигов святителя Николая Мирликийского, связанный со временем его епископства. События эти были связаны с политической обстановкой в городе, их описание мы находим в рукописи четвёртого столетия «Деяния о стратилатах».
Стратилаты по поручению императора Константина сев на корабль, отправились в отдалённую провинцию империи, но из-за поднявшейся бури на море были вынуждены пристать к берегам города Миры.

Служивший в этом городе Святитель Николай узнал об этом и прибыл в порт Андриаке, чтобы благословить мореплавателей. Во время их беседы прибежали взволнованные жители города Миры и сообщили ужасную новость: правитель города осудил на смерть троих ни в чём не повинных людей, и приговор вот-вот будет исполнен.
Николай без промедления отправился к месту казни в сопровождении приставших к берегу воинов императора Константина. Прибыв на место в тот самый момент, когда палач уже занес меч над главой осужденного, Святитель голыми руками схватился за лезвие и с силой вырвал орудие казни из рук палача. Отсрочка исполнения приговора в итоге спасла жизни невинно осужденных, в дальнейшем их дело об измене правителю пересмотрели.

Именно этот драматический момент, когда Николай Чудотворец останавливает меч палача, занесенный над первым из осуждённых, мы видим на картине. Она построена на контрасте: осужденные невиновные чиновники, чья жизнь в буквальном слове висит на волоске, непреклонность уверенного в своей правоте святого, сопротивление палача, по силе явно превосходящего Святителя, испуганное выражение лица градоначальника, обвинившего несправедливо ни в чем не повинных людей. Мастерски художник изобразил фигуры и лица осужденных, которые уже не верили в возможность своего спасения — «один покорный, другой недоумевающий и третий в порыве сумасшедшей надежды».

Репин избрал кульминационный момент — одно мгновение до смерти.
На первом плане холста — закованный в кандалы осужденный. Смирение, покорность судьбе звучат в выражении его лица, склоненной голове, жесте рук, прижатых к груди.

Рядом — палач. Взгляд невольно скользит по его могучей фигуре. Одежды цвета запекшейся крови, мощный бронзовый торс, свирепое лицо и недоумение во взгляде, обращенном к Николаю, отводящему меч от головы невинного человека.

Противостояние героев, их разные психологические состояния Репин концентрирует в своеобразном поединке рук, одной — сжимающей меч, другой — его отводящей.
Острие меча как перст указывает еще на двух осужденных. Обезумевший от радостной надежды, протягивающий к святому руки коленопреклоненный старик и юноша-юродивый в полупрозрачной тунике, ниспадающей с его худых плеч.
Божий человек не от мира сего он не чувствует смерти и не может понять, что происходит. Его душа чиста и безгрешна. Почти бесплотная фигура, вытянутая по вертикали и изгибающаяся подобно пламени горящей в храме свечи воспринимается антитезой мощной телесности палача и являет собой торжество силы духовной над грубой необузданной плотью.
На картине резко контрастируют непреклонность уверенного в своей правоте Николая Мирликийского, удивление палача, испуганно-льстивое выражение лица градоначальника («византийского царедворца»), а также фигуры и лица осуждённых, которые уже не верили в возможность своего спасения — «один покорный, другой недоумевающий и третий в порыве сумасшедшей надежды».

***
Заказчицей образа Николая Чудотворца была игуменья Николаевского женского монастыря в селе Стрелечьем Харьковского уезда, где проживала сестра художника, принявшая монашеский постриг.

Полотно было закончено в 1888 году, а год спустя оно экспонировалось на 17-й выставке Товарищества передвижных художественных выставок. Картину приобрёл император Александр III, причём впоследствии многократно упоминалась «легенда» о том, что именно с покупкой этого полотна было связано решение о создании Русского музея.

Репин написал два повторения картины, одно из которых было всё же передано Николаевскому женскому монастырю. Однако в 1930 году монастырь закрыли и картина пропала. В 1934 году полотно было найдено в квартире председателя местного совета, после чего изъято и передано в Харьковский художественный музей.

***
Мнения критиков относительно данной картины были различными. Так, писатель М. Ремезов высоко оценил произведение художника, отметив, что «как по мысли, так и по исполнению» оно было лучшим из всех представленных на выставке работ.
Однако Л.Н. Толстой с негодованием отмечал, что содержание полотна «не художественно, не ново, не дорого автору», «вся картина без фокуса, и все фигуры ползут врозь».

Писатель Н. Лесков написал Репину в письме, напротив, восторженный отклик: «Приветствую большой и несомненный успех Ваших произведений. На выставке нет ничего лучше
„Св. Николая“ и портрета Глазунова. Похвалы Вам единогласные. Стоят картины прекрасно, и лучшего им не надо».
В том же письме Лесков привёл мнение журналиста и критика Алексея Суворина, отметив, что «Суворин был в восторге от „Св. Николая“… Толпы у „Св. Николая“ не редеют, а толки очень курьёзные и неожиданные — например, что Вы хотите „показать главенство церкви над государством“».

Хотя прообразом Николая Мирликийского, по-видимому, был Лев Толстой, с которым Репин в те годы много общался, лицо святого Николая было написано с поэта Аполлона Майкова.
Палача Репин писал с художника Николая Кузнецова.
Образ приговорённого к смерти, стоящего на коленях, был создан с писателя Иеронима Ясинского, а тщедушного молодого смертника, ожидающего своей очереди — с писателя-символиста Дмитрия Мережковского.

Хранится картина в Государственном Русском музее в Санкт-Петербурге