Иисус сидит на камне, и ждет восход солнца. Линия горизонта делит холст на две части: холодную каменную пустыню — с одной стороны, и небо — мир света и надежды, символ будущего преображения — с другой.
Ровно в середине холста, на границе этих двух миров, изображены сомкнутые кисти рук Христа, которые вместе с его лицом представляют зрительный и смысловой центры картины.
Здесь сконцентрирована зона наибольшего «напряжения» в момент приятия Спасителем уготованной ему судьбы.
Философское начало в картине выходит на первый план благодаря композиционному решению: очевидно сходство позы Христа на полотне Крамского с позой Ф. М. Достоевского — «властителя дум» на известном портрете
В. Г. Перова. Вечные, общечеловеческие проблемы, противостояние добра и зла были центральными темами в творчестве художника и писателя.
Произведение «Христос в пустыне» произвело на публику неизгладимое впечатление. Академия художеств даже хотела присудить Крамскому звание академика, но верный своим принципам не иметь ничего общего с официальным искусством художник отказался.
Картина была также представлена на Второй выставке Товарищества передвижных художественных выставок, одним из основателей которого являлся Крамской.
Полотно многие хотели приобрести, но досталась оно в конечном итоге П. Третьякову за шесть тысяч рублей (коллекционер даже не торговался с художником и сразу купил его за названную им сумму). Третьяков не раз говорил, что «Христос в пустыне» — одна из его самых любимых картин.