17 июня 1941 г. сын черниговского фельдшера 29-летний Юзик Рапопорт на ученом совете биофака МГУ должен был защищать докторскую диссертацию. Кворум не собрался, и защиту перенесли на 28-ое июня.
22-го июня талантливый ученый Иосиф Рапопорт, имевший право на бронь, отправился добровольцем на фронт. На Крымском фронте он вступил в партию: он рассчитывал, что при пленении теперь будет иметь преимущественное право первым пойти под расстрел — как офицер, еврей и коммунист.
В 1942 г. после тяжелого ранения, он был направлен на учебу в Военную академию им. Фрунзе; параллельно он защищает в МГУ докторскую. Вице-президент АН СССР академик И. Орбели предлагает отозвать его из армии, он отказывается и в 1943 г. снова уходит на фронт.
Согласно воспоминаниям, во время знаменитой операции по форсированию Днепра в районе Черкасс осенью 1943 г. комдив сбежал. Начальник штаба полка капитан Рапопорт, самовольно нарушив приказ и рискуя угодить под трибунал, меняет место переправы. Это позволило с малыми потерями форсировать реку в удобном месте и закрепиться на высоком западном берегу. Трое суток его полк отражает атаки элитных немецких дивизий «Рейх» и «Гроссдойчланд». Сбежавший комдив представил его к званию Героя Советского Союза.
Но когда комдив снова появился на западном берегу, капитан Рапопорт перед строем ударил его по лицу, назвав мерзавцем и трусом. Подоспевшие офицеры удержали комдива, выхватившего пистолет. Он отозвал свое представление. В итоге 32 человека, включая комполка, получили звание Героя, Рапопорт — нет. На ветеранских встречах много лет спустя он никогда не подавал руки комдиву.
В 1944 г. за прорыв линии «Королева Маргарита» на пути к Будапешту капитан Рапопорт опять нарушил приказ и сделал почти невозможное. Его батальон уничтожил 1000 немцев, подбил 12 танков, 8 бронетранспортеров, подавил 16 огневых точек противника, захватил 220 пленных, потеряв при этом всего семь человек. 25 декабря 1944 г. Рапопорт должен был принять полк, но последовало еще одно тяжелое ранение: пуля снайпера выбила ему глаз и задела мозг. Чудом выжив, месяц спустя он сбежал из госпиталя в свой батальон.
Операция под командованием Рапопорта была занесена в учебники по тактике как одна из наиболее дерзких и удачных. Он был награжден полководческим орденом Суворова и представлен к званию Героя Советского Союза во второй раз. И без объяснений во второй раз последовал отказ — по комментариям высокопоставленных военных, за национальность и непокладистый характер.
В мае 1945 г. майор Рапопорт со своим батальоном оторвался на 83 км от основных сил, прошел сквозь 100-тысячную группировку войск противника, захватил несколько населенных пунктов, взял несколько тысяч пленных, 60 единиц бронетехники и соединился с американцами в Австрии. Причем прошел совершенно открыто, в советской форме и с красными звездами на броне самоходок. На месте этой встречи сейчас стоит стела с надписью: «Здесь закончилась Вторая мировая война».
Его представили к званию Героя Советского Союза в третий раз. Маршал Толбухин доложил Ставке о выполненном задании, отметив действия усиленного подвижного отряда под руководством И. Рапопорта. Это единственный случай в истории войны, когда в Ставку докладывали не о генерале, а о простом майоре. Но уже после окончания боевых действий в мае 1945 года пьяный адъютант командира корпуса резерва Верховного Главнокомандования насмерть сбил молоденького лейтенанта. Оперативный дежурный майор Рапопорт приказал адъютанта арестовать и доложил в прокуратуру. Но уголовное дело против адъютанта закрыли, а против Рапопорта возбудили. И третье представление на звание Героя также было отозвано.
После войны Рапопорт вернулся к своему любимому занятию — наукой генетикой. В 1948 г. он участвовал в знаменитой сессии ВАСХНИЛ, где Трофим Лысенко по благословению Сталина клеймил генетику. Иосиф Рапопорт был единственным из присутствовавших, кто открыто и яростно защищал генетику. Во время своего доклада главный идеолог лысенковщины академик Исай Презент сослался на какого-то иностранца, писавшего против «менделизма-морганизма». Рапопорт крикнул из зала: «Он такой же авантюрист, как вы!» На вопрос из того же зала: «Откуда этот хулиган Рапопорт?», он ответил: «Из 7-й воздушно-десантной дивизии». В зале начали настаивать, чтобы Рапопорта вывели. Презент, заранее зная об исходе заседания, сказал: «Не надо», — и обратился к Рапопорту: «Вот я вас учил…», — на что тот ответил с места: «Я стыжусь этого!» Позже, когда просидевший всю войну в тылу Презент заявил в адрес генетиков: «Когда мы, когда вся страна проливала кровь на фронтах Великой Отечественной войны, эти муховоды…» — Рапопорт, в черном костюме, с черной повязкой на выбитом пулей глазу, надевший на сессию все свои восемь боевых орденов, рванулся к трибуне и, схватив Презента за горло, крикнул: «Это ты, сволочь, проливал кровь?» Он почти задушил Презента, потому что хорошо знал, как брать «языков».
Напоминаю, это был 1948 год. Посадить трижды представленного к званию Героя не решились, только выбросили из науки с волчьим билетом и исключили из партии. Когда у него в райкоме изъяли партийный билет, Рапопорт заявил, что: «Молотов ничего не понимает в генетике». Доктор наук Рапопорт пытался устроиться на работу в метро, нашел временную работу в геологических партиях, под чужой фамилией делал переводы для Института научной информации. Существовал на пенсию по инвалидности.
В Средней Азии, работая в геологической партии, он разработал способ определения нефтеносных пластов, которым геологи пользуются до сих пор. Без защиты ему присвоили степень кандидата геологических наук. Но как только выяснилось, что это «тот самый Рапопорт», его выгнали и из геологии.
В 1957 г., благодаря поддержке ведущих академиков (в т.ч. нобелевского лауреата Н.Н. Семенова) Рапопорт полулегально возобновил свои исследования в Институте химической физики АН СССР, где для него была создана лаборатория — чтобы Лысенко и его покровители не вмешивались, всю тематику засекретили. В 1965 г. после окончательной реабилитации генетики Рапопорт официально возглавил важнейшие экспериментальные исследования в этой области. За свои фундаментальные работы он получил звание Героя Социалистического Труда, стал членом-корреспондентом АН СССР. Ему присваивают Ленинскую премию, которую он раздал сотрудникам лаборатории.
В начале 1960-х гг. Нобелевский комитет просит согласия советских властей на выдвижение Рапопорта на Нобелевскую премию. Рапопорт был вызван в Отдел науки ЦК КПСС, где ему в качестве условия согласия было предложено подать заявление о восстановлении в партии. Иосиф Рапопорт в ответ заявил: «Так кто был прав, я или Лысенко? И если я, то это вы должны извиниться передо мной и без всяких заявлений и потери стажа вручить мне партбилет с тем же номером». В итоге представление Рапопорта к Нобелевской премии сочли «преждевременным», а заодно изъяли из книжных магазинов и полностью уничтожили весь тираж его книги «Микрогенетика».
31 декабря 1990 г. 78-летнего Иосифа Рапопорта сбила машина на пешеходном переходе. Его в очень тяжелом состоянии доставили в больницу, но не оказали вовремя необходимой помощи.