На рубеже 1950-х — 60-х гг. начался сложный и трудный для Церкви период. Большинство запомнило его как знаменитую «хрущевскую оттепель». Нас же больше коснулась ее обратная сторона — новый этап гонений на Церковь. По мановению «премьера», Никиты Сергеевича Хрущева, Церковь понесла огромный урон. Были закрыты пять семинарий, почти все монастыри — только на Украине некоторые сохранились, были закрыты две трети храмов, уцелевших после революции или открытых после войны. Шло разрушение церковной структуры, церковного устава.

В самом начале этого периода, 15−16 февраля 1960 года, Патриарх на большом собрании, конференции советской общественности за разоружение, выступил с речью: «Досточтимое собрание! Моими устами говорит Русская Православная Церковь, объединяющая миллионы православных христиан, граждан нашего государства. Примите ее приветствие и благословение! Как свидетельствует история, это есть та самая Церковь, которая на заре русской государственности содействовала строению гражданского порядка на Руси, укрепляла христианским назиданием правовые основы семьи, утверждала гражданскую правоспособность женщины, осуждала ростовщичество и рабовладение, воспитывала в людях чувство ответственности и долга, и своим законодательством нередко восполняла пробелы государственного закона. Это та самая Церковь, которая создала замечательные памятники, обогатившие русскую культуру и доныне являющиеся национальной гордостью нашего народа. Это та самая Церковь, которая в период удельного раздробления русской земли помогала объединению Руси в одно целое, отстаивая значение Москвы как единственного церковного и гражданского средоточия Русской земли. Это та самая Церковь, которая в тяжкие времена татарского ига умиротворяла ордынских ханов, ограждая русский народ от новых набегов и разорений. Это она, наша Церковь, укрепляла тогда дух народа верой в грядущее избавление, поддерживая в нем чувство национального достоинства и нравственной бодрости. Это она служила опорой русскому государству в борьбе против иноземных захватчиков в годы Смутного времени и в Отечественную войну 1812 года и она же оставалась вместе с народом во время последней мировой войны, всеми мерами способствуя нашей победе и утверждению мира. Словом, это та самая Православная Церковь, которая на протяжении веков служила, прежде всего, нравственному становлению нашего народа, а в прошлом и его государственному устройству… Правда, несмотря на все это, Церковь Христова, полагающая своей целью благо людей, от людей же и испытывает нападки и порицания. И тем не менее, она выполняет свой долг, призывая людей к миру и любви. Кроме того, в таком положении Церкви есть много утешительного для верных ее членов, ибо что могут значить все усилия человеческого разума против христианства, если двухтысячелетняя история его говорит сама за себя, если все враждебные против него выпады предвидел Сам Христос и дал обетование непоколебимости Церкви, сказав, что и врата адовы не одолеют Церкви Его. Мы, христиане, знаем, как должны мы жить для служения людям и наша любовь к людям не может умалиться ни при каких обстоятельствах… На основании всего многовекового опыта наша Церковь может сказать: если все мы будем вносить в общую жизнь мира здравые мысли, чистые чувства, благие стремления и правые дела, то мы сделаем все, что необходимо для утверждения мира среди людей и народов».