В 17 лет, приписав себе год, Эрнст добровольцем ушёл на фронт. Но, не доехав до фронта, младший лейтенант Неизвестный попал под трибунал. За убийство офицера Красной Армии, который изнасиловал его девушку.
62 дня он ожидал расстрела. Расстрел заменили штрафбатом.
В рукопашном бою он убил 11 фашистов. Был награждён орденом Красной Звезды и медалью «За Отвагу»…посмертно. В апреле 1945 он, командуя десантной ротой, получил ранение разрывной пулей в позвоночник. Родителям ушла похоронка. Когда его несли хоронить, то уронили с носилок и он, закричав от боли, остался жить.

Вернувшись с войны, он три года был на костылях и на морфии для обезболивания. Чтобы он не стал наркоманом, отец уговорил Эрнста вместо морфия пить спирт. Потом 14 лет Эрнст проработал грузчиком, каменщиком, литейщиком. Его первые бронзовые скульптуры были созданы из металлолома и отходов литья. В 1959 г. Эрнст Неизвестный стал победителем Всесоюзного конкурса на монумент Победы, но право на него отдали Вучетичу. Когда в 1962 году на знаменитой выставке в Манеже Хрущёв назвал его «педерасом», Неизвестный сказал: «А Вы дайте мне девушку и я докажу, что я не педераст»
На Новодевичьем стоит его знаменитый чёрно-белый памятник Хрущёву. Гонорар за памятник от сына Хрущёва 3000 рублей он выбросил в открытое окно машины со словами: «Пусть москвичи помянут Никиту Сергеевича».

Из созданных в советский период 850 скульптур у него закупили только 4. Против него возбуждали уголовные дела, его обвиняли в валютных махинациях, в шпионаже. В 1976 году он смог выехать в Швейцарию, а в 77-м с 60-ми долларами в кармане переехал в США.
В последние годы после тяжёлой операции он мог передвигаться только в инвалидной коляске и видел одним глазом, но продолжал рисовать эскизы, по которым его ученики отливали скульптуры.
Его работы установлены в Москве, Нью-Йорке, Сан-Франциско, Магадане, Екатеринбурге, Одессе, Элисте, Кузбассе, Швеции, Египте.