Клещевой энцефалит не был известен ни первопроходцам Сибири, ни переселенцам на Дальний Восток вплоть до 1930-х гг. Ближайшей родственной болезнью клещевого энцефалита является так называемый японский энцефалит, описанный японскими микробиологами в 1920-годы прошлого века. Впервые в СССР вирус клещевого энцефалита был описан А. Г. Пановым в 1935 году на Дальнем Востоке, а в 1937 году он был обнаружен специальной экспедицией военных микробиологов под руководством профессора Зильберта. Версия о причастности японских военных микробиологов к эпидемии энцефалита появилась практически сразу. Но серьезно о ней заговорили после Второй мировой войны, когда стало известно о существовании на территории Маньчжурии пресловутого «Отряда 731» Квантунской армии. Начиная с 1935 года в 20 километрах от Харбина действовала секретная лаборатория, где проводились эксперименты с биологическим оружием. Деятельность «Отряда 731» была свернута после вступления СССР в войну с Японией, когда по приказу командующего Квантунской армией генерала Отадзо Ямада секретный военный городок был уничтожен. Однако все следы преступления скрыть не удалось: собранные по этому делу свидетельские показания вошли в материалы Хабаровского процесса над японскими военными преступниками в 1949 году